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安徽农业大学生态学起步于20世纪70年代后期，2003年开始本科招生，目前逐步形成集环境、生命、农学、资源为一体的共建交叉学科，2003年获得硕士学位授权点，2011年获得一级博士学位授权点，2020年入选安徽省生态学高峰学科，2023年获批生态学博士后科研流动站，在第五轮学科评估中生态学科位于全国农林院校前列。

安徽农业大学生态学系拥有专职教师 16人，其中教授4人、副教授8人(含高级实验师1人)，40岁以下教师占62.5%；拥有生态学省级教学团队1项、安徽省教坛新秀1人、安徽省115产业创新团队技术骨干5人、校级教学名师2人等。经过多年引进、培育，目前已形成一支教学水平优、学术水平高的专业教师团队。

近3年生态学系教师结合学科发展趋势和区域发展要求，积极申报各类科研项目，先后主持国家、省部级等科研项目25项，其中国家级科研项目占52%。累计经费为1010万元；在国内外重要期刊发表学术论文35篇，其中在Global Change Biology, Environmental Pollution, Geoderma, Agriculture Ecosystems and Environment等发表SCI论文26篇，授权发明专利5项。